《MARPOL公约》附则I《防止油类污染规则》、附则II《控制散装有毒液体物质污染规则》、附则IV《防止船舶生活污水规则》、附件V《防止船舶垃圾污染规则》中将某些海域定义为“特殊区域”，其中，出于与其海洋和生态条件以及海上交通相关的技术原因，必须采取防止海洋污染的强制性的特殊方法。根据《公约》规定，这些特殊区域的保护水平高于其他海域。
附则VI《防止船舶造成空气污染规则》建立了特定的二氧化硫(SOx)排放控制区，对硫排放作出了更严苛的管控，以及符合Tier III 氮氧化物排放标准的氮氧化物(NOx)排放控制区。
《MARPOL公约》规定的特殊区域如下：
通过，生效&特殊区域生效日期 | |||
特殊区域 | 通过 | 生效日期 | 实际生效日期 |
附则I：油类 | |||
地中海 | 1973年11月2日 | 1983年10月2日 | 1983年10月2日 |
波罗的海 | 1973年11月2日 | 1983年10月2日 | 1983年10月2日 |
波罗的海 | 1973年11月2日 | 1983年10月2日 | 1983年10月2日 |
红海 | 1973年11月2日 | 1983年10月2日 | * |
海湾地区 | 1973年11月2日 | 1983年10月2日 | 2008年8月1日 |
亚丁湾 | 1987年12月1日 | 1989年4月1日 | * |
南极 | 1990年11月16日 | 1992年3月17日 | 1992年3月17日 |
西北欧水域 | 1997年9月25日 | 1999年2月1日 | 1999年8月1日 |
阿拉伯海的阿曼地区 | 2004年10月15日 | 2007年1月1日 | * |
南非南部水域 | 2006年10月13日 | 2008年3月1日 | 2008年8月1日 |
附则II:散装有毒液体物质 | |||
南极 | 1992年10月30日 | 1994年7月1日 | 1994年7月1日 |
附则IV: 生活污水 | |||
波罗的海 | 2011年7月15日 | 2013年1月1日 | ** |
附则 V: 垃圾 | |||
地中海 | 1973年11月2日 | 1988年12月31日 | 2009年5月1日 |
波罗的海 | 1973年11月2日 | 1988年12月31日 | 1989年10月1日 |
波罗的海 | 1973年11月2日 | 1988年12月31日 | * |
红海 | 1973年11月2日 | 1988年12月31日 | * |
海湾地区 | 1973年11月2日 | 1988年12月31日 | 2008年8月1日 |
北海 | 1989年10月17日 | 1991年2月18日 | 1991年2月18日 |
南极地区(南纬60°以南) | 1990年11月16日 | 1992年3月17日 | 1992年3月17日 |
更广泛的加勒比海地区，包括墨西哥湾和加勒比海 | 1991年7月4日 | 1993年4月4日 | 2011年5月1日 |
附则 VI: 防止船舶造成空气污染 （排放控制区） | |||
波罗的海 (SOx ) (NOx) | 1997年9月26日 2017年7月7日 | 2005年5月19日 2019年1月1日 | 2006年5月19日 2021年1月1日**** |
波罗的海 (SOx) (NOx) | 2005年7月22日 2017年7月7日 | 2006年11月22日 2019年1月1日 | 2007年11月22日2021年1月1日**** |
北美排放控制区 (NOx) | 2010年3月26日 | 2011年8月1日 | 2012年8月1日 2016年1月1日*** |
美国加勒比海排放控制区 (NOx) | 2011年7月26日 | 2013年1月1日 | 2014年1月1日 2016年1月1日*** |
备注：
* 这些地区的特殊区域要求尚未生效，因海岸线与相关特殊区域接壤的《MARPOL公约》缔约方尚未就是否有足够的接收设施发出通知（《MARPOL公约》附则I第38.6条和《MARPOL公约》附则V第5(4)条）。
** 新的特殊区域要求于2013年1月1日生效，但只有在海岸线与相关特殊区域接壤的《MARPOL公约》附则IV缔约方发出关于其配备有足够的接收设施的通知后才会生效。（经修订的《MARPOL公约》附件IV第13.2条，由MEPC.200(62)号决议通过，于2013年1月1日生效）
*** 在2016年1月1日或之后建造并在这些排放控制区作业的船舶应符合《MARPOL公约》附则VI第13.5条规定的NOx Tier III的标准。
**** 在2021年1月1日或之后建造并在这些排放控制区作业的船舶应符合《MARPOL公约》附则VI第13.5条规定的NOx Tier III的标准。
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